Endometrioza jest jedną z chorób kobiecych. Ze względu na to, że nie do końca poznane są przyczyny jej występowania diagnostyka tej choroby jest niezmiernie trudna i długotrwała. Przypuszcza się, że z powodu tej choroby cierpi bardzo wiele kobiet lecz nie u wszystkich została ona rozpoznana. W związku z tym, że często endometrioza współistnieje z niepłodnością, najczęściej wykrywa się ją  u kobiet w wieku rozrodczym, przeważnie między 20 a 35 roku życia. Niezmiernie rzadko można się spotkać z nią u kobiet po menopauzie. Istnieją przypuszczenia, że jest ona wynikiem wdrożenia hormonalnej terapii zastępczej. Pod wpływem estrogenów zmiany endometrialne ulegają rozrostowi i choroba rozprzestrzenia się.

Istnieje bardzo wiele teorii mechanizmu powstawania endometriozy. Na ich podstawie wyłania się przypuszczalne przyczyny jej wystąpienia. Jednakże żadna z nich nie została w 100% udowodniona.

Endometrioza charakteryzuje się występowaniem fragmentów błony śluzowej macicy (endometrium) w innych narządach poza jamą macicy i funkcjonuje w podobny sposób jak w macicy. W trakcie cyklu miesiączkowego podlega ona zmianom hormonalnym, a w trakcie miesiączki zaczyna się złuszczać i krwawić. W związku z tym, że krew nie ma odpowiedniego odpływu i gromadzi się tworząc skrzepy, bardzo często dochodzi do powstawania różnego rodzaju torbieli oraz stanów zapalnych. Zmiany endometrialne z każdym cyklem powiększają się jak również mogą powstawać w innych miejscach powodując coraz bardziej nasilające się objawy tej choroby.

Najczęściej ogniska endometriozy występują w narządzie rodnym kobiety, szczególnie na jajnikach, jajowodach oraz części pochwowej szyjki macicy i zatoce Douglasa. Poza narządem rodnym mogą także występować w narządach układu moczowego, jelitach, wyrostku robaczkowym. Fragmenty błony śluzowej macicy mogą także w sporadycznych przypadkach umiejscowić się w bardzo odległych narządach jak np. serce czy płuca.

Przeszczepy endometrium mogą nastąpić w wyniku zabiegów czy tez operacji wykonywanych na macicy. Bardzo często zmiany te występują w bliznach pooperacyjnych. Może dojść również do nieprawidłowego wszczepienia się endometrium w blizny na szyjce macicy będące wynikiem różnego rodzaju jej uszkodzeń powstałych po przebytych porodach drogą pochwową lub też zbyt inwazyjnego usunięcia nadżerki części pochwowej szyjki macicy.

Jedną z teorii pojawienia się fragmentów endometrium w narządzie rodnym jest refluks krwi miesiączkowej. Podczas krwawienia miesiączkowego krew wraz ze złuszczoną błoną śluzową nie wypływa na zewnątrz lecz cofa się do macicy a stamtąd dostaje się poprzez jajowody do jajników. Uszkodzenia szyjki macicy powodujące blizny mogą powodować utrudniony odpływ krwi miesiączkowej. Zbyt małe rozwarcie ujścia szyjki macicy np. w przypadku niektórych kobiet, które nie rodziły drogą pochwową również może stanowić barierę odpływu krwi miesiączkowej.