Zabieg wyłyżeczkowania jamy macicy wykonywany jest w szpitalu lub gabinetach posiadających salę operacyjną. Zarówno zabieg diagnostyczny, jak i terapeutyczny wykonywany jest po uprzednim znieczuleniu ogólnym dożylnym, w związku z czym, około 4 godziny przed zabiegiem pacjentka powinna być na czczo. Przed przystąpieniem do znieczulenia pacjentka konsultowana jest przez lekarza anestezjologa. W niektórych przypadkach konieczne jest wykonanie badania EKG lub badań analitycznych krwi.

Po znieczuleniu i odkażeniu pola zabiegowego (srom, pochwa), założeniu wzierników i uchwyceniu szyjki macicy tzw. kulociągiem, lekarz przystępuje, w zależności od potrzeb, do rozszerzenia kanału szyjki za pomocą narzędzi zwanych hegarami. W niektórych przypadkach rozszerzanie szyjki nie jest potrzebne, a uzależnione jest to między innymi od warunków anatomicznych szyjki. Następnie do jamy macicy wprowadza łyżkę skrobakową i wykonuje ruchy skrobiące, opróżniając jamę macicy lub pobierając fragmenty śluzówki macicy. W każdym przypadku otrzymany materiał przekazywany jest do badania histopatologicznego.

Po zabiegu pacjentka pozostaje pod opieką personelu medycznego co najmniej 2 godziny. W tym okresie nie powinna przyjmować posiłków oraz płynów. Przez pierwsze godziny po zabiegu może utrzymywać się nieznaczne pobolewanie dołem brzucha przypominające bóle miesiączkowe, będące wynikiem skurczów macicy. Krwawienie z dróg rodnych po zabiegu może utrzymywać się przez kilka kolejnych dni. Czas wystąpienia owulacji oraz miesiączki po zabiegu wyłyżeczkowania może być różny.