Aby zapobiec powikłaniom poszczepiennym oraz z drugiej strony, aby zapobiec nieuzasadnionym, masowym zwolnieniom ze szczepień, Światowa Organizacja Zdrowia (WHO) oraz krajowe Towarzystwa Naukowe opracowały konkretne zasady szczepienia dzieci z chorobami układu nerwowego. Trwałym przeciwwskazaniem do szczepień są wszystkie postępujące choroby neurologiczne oraz wrodzone choroby metaboliczne przebiegające z uszkodzeniem ośrodkowego układu nerwowego. Szczepienie należy ponadto odroczyć u dzieci będących w trakcie diagnostyki neurorozwojowej, zwłaszcza u dzieci podejrzewanych o choroby postępujące lub encefalopatię padaczkową. Do decyzji lekarza należy czy odroczyć wówczas wszystkie szczepienia, czy tylko szczepienie przeciwko krztuścowi.

Jeżeli diagnoza padaczki jest już postawiona, a choroba nie ma charakteru encefalopatii lub schorzenia postępującego, można przeprowadzić praktycznie wszystkie przewidziane w kalendarzu szczepienia. U dzieci z padaczką zaleca się jedynie, aby przed planowanym szczepieniem przeciwko krztuścowi minęło co najmniej 12 miesięcy leczenia bez napadów. Jeżeli u dziecka nie rozpoznano padaczki, a jedynie drgawki przygodne (np. gorączkowe) zaleca się przeprowadzenie szczepienia przeciwko krztuścowi w osłonie leków przeciwgorączkowych z ewentualnym krótkotrwałym podaniem leków przeciwdrgawkowych. We wszystkich opisanych powyżej przypadkach zaleca się stosowanie szczepionki acellularnej, która daje mniej działań ubocznych przy podobnej immunogenności.