Badanie całkowitego stężenia IgE w surowicy krwi wykonuje się zazwyczaj w ramach diagnostyki alergii. Podwyższone IgE może świadczyć o istniejącej tendencji do nadmiernej reakcji alergicznej. Oznaczanie IgE niesie jednak za sobą wiele pułapek diagnostycznych.

1) Podwyższone stężenie IgE nie świadczy wyłącznie o alergii. Taki wynik zdarza się w wielu innych chorobach, takich jak między innymi: choroby pasożytnicze (świerzb, glistnica, bąblowica), mukowiscydoza, masywne grzybice, wirusowe zapalenie wątroby, łuszczyca, choroby nerek, choroba Hodgkina, choroba Kawasaki.

2) Normy muszą być odnoszone do wieku dziecka. U niemowląt stężenie powyżej 20 jednostek na ml jest już dosyć wysokie, ale u nastolatków górną granicą normy jest nawet wynik 150-200 jednostek na ml. W zależności od stosowanej metody, normy mogą się różnić pomiędzy laboratoriami.

3) Reakcja IgE-zależna odpowiada za jedynie około 50% wszystkich reakcji alergicznych u dzieci. Poza reakcją w którą są zaangażowane przeciwciała IgE, istnieją jeszcze 3 inne typy reakcji, znacznie trudniejsze do diagnostyki. Prawidłowy wynik IgE (zarówno całkowitej, jak i specyficznych) nie wyklucza istnienia u dziecka alergii.

Z tego powodu nadal kluczowe znaczenie w diagnostyce alergii ma ocena całokształtu obrazu klinicznego oraz tzw. test karencji i ekspozycji, czyli obserwacja objawów po odstawieniu danego antygenu (np. mleka krowiego) i po jego ponownym włączeniu.

4) Istnieją ludzie, mający uwarunkowane genetycznie, znacznie podwyższone stężenie IgE, zarówno całkowitej, jak i specyficznych, którzy nie wykazują żadnych reakcji alergicznych. Dodatni wynik IgE nie oznacza więc automatycznie potwierdzenia rozpoznania alergii.