Zanik kosmków jelita cienkiego powoduje mniej lub bardziej nasilony zespół zaburzeń wchłaniania, mogący powodować poważne skutki zdrowotne. Znanym zjawiskiem jest występujące u dziewcząt z celiakią opóźnienie rozwoju płciowego, niedobór masy i wzrostu, osteoporoza oraz niedobory wielu mikroelementów. Nierozpoznana i/lub nieleczona celiakia może powodować zaburzenia cyklu miesiączkowego a co za tym idzie trudności z zajściem w ciążę.

W przypadku zajścia w ciążę przez kobietę z celiakią, nie stosującą diety bezglutenowej, istnieje prawie 9-krotnie większe ryzyko samoistnych poronień i prawie 6-krotnie większe ryzyko urodzenia dziecka z niską urodzeniową masą ciała. Długofalowe obserwacje sugerują, że stosowanie diety bezglutenowej odwraca te skutki.