W praktyce bardzo rzadko udaje się uzyskać mocz metodą w pełni aseptyczną (bez zanieczyszczeń ze środowiska zewnętrznego) i jak wykazały liczne badania u większości zdrowych ludzi posiew moczu może wykazać niewielkie ilości bakterii.

Bakterie pochodzą głownie z okolic ujścia cewki moczowej. Dodatkowo wiadomo, że żywe bakterie mogą fizjologicznie przenikać do dolnego odcinka cewki moczowej i zasiedlać cewkę nawet do wysokości 4 cm. W takich sytuacjach, nawet po dokładnym umyciu okolicy krocza, posiew moczu może wykazać obecność bakterii i nie świadczy to o zakażeniu dróg moczowych.

Z tego powodu stworzono pojęcie znamiennej bakteriurii, czyli takiej liczby bakterii, która najprawdopodobniej świadczy nie o zanieczyszczeniu, ale o "prawdziwej" infekcji dróg moczowych. Taką granicą, od której mówimy o zakażeniu dróg moczowych, jest wynik posiewu moczu wykazujący jeden szczep bakterii w ilości co najmniej 100.000 kolonii bakteryjnych na 1 ml moczu (10⁵ w ml).

Dotyczy to oczywiście moczu pobranego z zachowaniem warunków higieny i aseptyki. Nie jest wiarygodny wynik moczu uzyskany z podklejonego do krocza woreczka, nawet jeżeli woreczek był wcześniej jałowy. Przy takiej metodzie pobrania zwykle nieuniknione jest zanieczyszczenie próbki, a dłuższe zaleganie moczu w woreczku powoduje, że bakterie mnożą się i daje to wynik fałszywie dodatni.

Jeżeli mocz zawierający bakterie nie zostanie szybko oddany do badania, lub schowany do lodówki, to znajdujące się w nim bakterie rozmnażają się tak szybko, że ich liczba podwaja się nawet co 45 minut (!). Optymalną metodą pobrania moczu do badania jest tzw. metoda środkowego strumienia opisana poniżej.