Dla kobiet, które szukają naturalnego środka rozwiązującego problem menopauzy fitoestrogeny są ważną alternatywą. Sądzi się, że fitoestrogeny stosowane przewlekle zmniejszają ryzyko niektórych chorób nowotworowych (raka piersi, raka jelita, raka prostaty oraz chorób sercowo-naczyniowych. Do tej pory zidentyfikowano wiele klas fitoestrogenów, m. in. lignany i izoflawony. Poszczególne klasy fitoestrogenów występują w mniejszych lub większych ilościach w większości roślin. Każdej z poszczególnych klas możemy przyporządkować rośliny, w których dany rodzaj fitoestrogenów występuje w szczególnie dużej ilości. Przykładowo za główne źródło lignanów uważa się zboża.

Fitoestrogeny są podobne w budowie do żeńskich  estrogenów wydzielanych przez jajnik. Przypisuje się im zarówno działanie agonistyczne jak i antagonistyczne względem estrogenu. Spośród wszystkich fitohormonów izoflawony mają najsilniejsze działanie estrogenne. Pomimo tego, że działanie to nie jest tak silne jak działanie 17β-estradiolu, to wśród populacji, których dieta jest bogata w rośliny strączkowe i jarzyny, ilość izoflawonoidów w organiźmie może być tysiąc razy większa od ilości steroidowych estrogenów. Izoflawony konkurują wtedy z endogenicznymi estrogenami o dostęp do receptorów komórkowych - jeśli stężenie endogennych estrogenów jest wysokie, izoflawony mogą wykazać antyestrogenne właściwości. Gdy stężenie endogennych estrogenów jest niskie (np. podczas menopauzy u kobiet) izoflawony mogą działać estrogennie.

Izoflawony charakteryzują się wybiórczością tkankową w swoim agonistycznym i antagonistycznym działaniu. Dzieje się tak dlatego, że w komórkach występują dwa rodzaje receptorów estrogenowych, receptory α i receptory β. Receptory α są głównymi receptorami w tkankach piersi i macicy, podczas gdy w kościach i systemie kardiowaskularnym przeważają receptory β. Estradiol ma powinowactwo do obu typów receptorów, natomiast izoflawony „preferują” receptory typu β. Fitoestrogeny  wykazują  wiele różnorodnych  działań  działając nie tylko poprzez  receptory estrogenowe, ale również  dzięki aktywności metabolicznej.

Przeprowadzono wiele doświadczeń badających wpływ izoflawonów na najczęstszy objaw występujacy w okresie menopauzy tj.: napadowe zaczerwienienia twarzy. Liczne wyniki badań dotyczące grupy fitoestrogenów wykazują pozytywne efekty w walce z tymi symptomami – wraz ze wzrostem ilości przyjmowanych izoflawonów może nastąpić redukcja częstotliwości dolegliwości naczynioruchowych.

Przegląd klinicznych i epidemiologicznych danych sugeruje, iż izoflawony mogą mieć antykancerogenne działanie. Niektóre doświadczenia dowodzą, że fitoestrogeny mogą redukować ryzyko wystąpienia raka piersi, a nawet działają prewencyjnie. Dotyczy to głównie kobiet z licznymi czynnikami ryzyka jak: siedzący tryb życia, otyłość czy stosowanie używek. Dane epidemiologiczne wskazują, że w populacjach kobiet z wysokim spożyciem izoflawonów ryzyko raka sutka jest dużo mniejsze. Ponadto wydaje się, że izoflawony mogą działać antyestrogennie poprzez konkurowanie z estradiolem o miejsca wiązań, przez co hamują rozwój zależnych od tego hormonu komórek. Dodatkowo mogą one stymulować SHBG w wątrobie, w ten sposób redukując ilość wolnego estradiolu w surowicy.

Nie ma w piśmiennictwie jednoznacznych wyników badań wskazujących na wpływ fitoestrogenów na endometrium u kobiet. Również niejednoznaczne opinie dotyczą ich wpływu na nowotwory jajnika czy przewodu pokarmowego. Większość analiz sugeruje jednak korzystny wpływ roślinnych estrogenów w profilaktyce tych nowotworów.

Wykazano także, że u kobiet spożywających produkty soi nastąpiło zmniejszenie stężenia cholesterolu we krwi o 9,3 %, frakcji LDL o 12.9 %, trójglicerydów o 10,5 %, nie zauważono jednak zmian w stężeniu frakcji HDL. W USA agencja Food and Drug Administration rekomenduje spożywanie diety bogatej w fitoestrogeny jako czynnika redukującego ryzyko zachorowania na chorobę wieńcową serca i miażdżycę naczyń krwionośnych.

Dane dotyczące wpływu spożycia fitoestrogenów na tkankę kostną są bardzo skąpe. Fitoestrogeny mogą powodować wzrost gęstości tkanki kostnej i zmniejszać częstość złamań osteoporotycznych. Wykazano również większą gęstość mineralną oraz wytrzymałość mechaniczną kości u kobiet w krajach basenu morza Śródziemnego, a których dieta zawiera dużo fitoestrogenów. W badaniach wśród kobiet  po menopauzie, które spożywały 60 mg białka sojowego dziennie wykazano po 6 miesiącach diety remineralizację i wzrostu gęstości mineralnej kośćca, a podobne wyniki otrzymano u kobiet, które  stosowały w diecie pieczywo wzbogacone ziarnem sojowym. Jednakże mimo wszystkich obiecujących wyników dotyczących wpływu roślinnych estrogenów na tkankę kostną u kobiet po menopauzie przy stosowaniu u pacjentki jedynie fitoestrogenów bez klasycznej HRT należy co 2-3 lata oceniać gęstość mineralną kości.

North American Menopausal Society stwierdziło, że dla redukcji stężenia cholesterolu we krwi należałoby  spożywać 50 mg izoflawonów dziennie, 40-80 mg dla ochronnego działania na naczynia krwionośne, 50 mg dla korzystnego wpływu na kości, a 40-80 mg dla łagodzenia objawów wypadowych. Opinia  North American Menopausal Society potwierdza, że są istotne korzyści zdrowotne ze spożywania soi i jej produktów. Ale tak naprawdę w piśmiennictwie wciąż jest wiele sprzecznych ze sobą wyników badań i mało przekonujących dowodów na tak wielostronnie korzystne działanie izoflawonów. Najprawdopodobniej wynika to z niejednorodności badanego materiału; spożywania nie tylko soi, ale tez jej sfermentowanych i niesfermentowanych produktów, czy też diety jedynie wzbogaconej o izoflawony. Wydaje się, że powinny zostać przeprowadzone dodatkowe, zakrojone na szeroką skalę kliniczne badania w celu ostatecznego określenia ich przydatności w leczeniu objawów menopauzy jako alternatywnej monoterapii lub też wspomagania leczenia przy stosowaniu klasycznej hormonalnej terapii zastępczej.

Kobietom, które nie chcą zażywać estrogenu, spożywanie pokarmów bogatych w izoflawony i ich preparatów może przynieść wiele korzyści, ale wydaje się, że nie może to stanowić jedynej terapii dla pacjentek, u których wymagana jest estrogenoterapia.